کتاب الطهاره به سبک آثار فقهی فقهای پیشین نگارش شده و نخستین اثر فقهی گسترده امام‌خمینی است. ایشان در این اثر، به بسیاری از مبانی فقهی و اصولی خود اشاره کرده است.

جلد اول، شامل مباحث «دماء ثلاثه»؛ جلد دوم، در موضوع تیمم نوشته شده؛ جلد سوم به بررسی نجاسات ده‌گانه اختصاص یافته و جلد چهارم، به بحث احکام نجاسات پرداخته شده‌است.