کتاب درسنامه عرفان نظری امام‌خمینی، شامل یک مقدمه و سه بخش می‌باشد:

بخش اول درباره کلیات بحث و معرفی برخی آثار عرفانی و نگاه اجمالی و تفصیلی به مطالب، مراحل تجلیات در بطون علمی، فیض مقدس یا وجود منبسط می‌باشد.

بخش دوم درباره دیدگاه‌ها و نوآوری‌ها، نکته‌هایی درباره غیب ذات، احدیت، واحدیت، وحدت حقیقی در عین تکثر علمی، نکته‌هایی درباره اعیان، دیدگاه امام‌خمینی درباره شطحیات، اقسام مکاشفات، بررسی حدیث قرب نوافل و فرائض و تطبیق آن دو در آثار امام‌خمینی، نکته‌هایی درباره جذبه الهی، حضرات خمس، سفرهای چهارگانه و جایگاه اولیاء کامل در سفرهای چهارگانه، سخن به میان آمده است.

بخش سوم درباره عرفان تشیع، تفصیل و تنوع مطالب در آثار سید حیدر، مطالبی در مساله بدا و سرّ قدر و نکوهش گوشه‌گیری عارفان، سخن به میان آمده است.