مبانی الگوی مدیریتی امام خمینی در حل بحران‌های داخلی جمهوری اسلامی ایران را می‌توان معرفت‌شناختی، هستی‌شناختی و انسان‌شناختی برشمرد که پایبندی بدان‌ها این الگو را متمایز از سایر الگوهای حل بحران در نظام‌های فکری دیگر و حتی الگوی سایر متفکران اسلامی دارای مواضع متمایز از امام خمینی می‌کند.