امام خمینی به عنوان رهبر انقلابی که با حمایت اکثریت ملت موفق به تأسیس نظام اسلامی گردید همواره در اندیشه و نظرات خود بر حفظ حقوق سیاسی آحاد مردم تأکید کرده است اما برخی نویسندگان با استناد به برخی مواضع و سیره عملی ایشان، برخی انتقادات را از ایشان در برخورد با مخالفان و منتقدان هم چون گروه های سیاسی و شخصیت های مخالف و منتقد مطرح کرده اند که در این پژوهش تلاش می گردد تا ضمن مروری بر بنیان های فکری و مواضع نظری ایشان در نوع مواجهه با منتقدان و مخالفان (مخالفان عقیدتی، فکری، سیاسی و ..) و معاندان (محارب، غیر محارب و ..) به بررسی سیره عملی و رفتاری ایشان در دوران بعد از انقلاب اسلامی پرداخته شود. در واقع، مسئله این پژوهش پاسخ به شبهاتی است که در خصوص سیره و رفتار عملی امام خمینی در مواجهه با مخالفان و منتقدان مطرح می گردد