امام با شناخت قرآن کریم و سنت پیامبر (ص) و ائمه اطهار (ع)، به خصوص در مباحث فقهی اندیشه، حکومت، نفی سبیل کافران بر مسلمانان، محور بودن ثقلین، عینیت سیاست با دیانت، جمع میان فقه سنتی و پویا، تفکیک میان اسلام ناب محمدی و اسلام تحریف شده، جمع میان عشق عرفانی و حماسه‌ی حضور در صحنه‌های اجتماعی و تعقل، وحدت علم و دین، هماهنگی میان ولایت مطلقه‌ی فقیه و حکومت مردمی، وحدت و آزادی دانست. نوع اندیشه‌ی دفاعی حضرت امام همراه با استراتژی دفاع همه‌جانبه توسط ایشان، به معنای دفاع هماهنگ در همه‌ی حوزه‌ها به همه‌ی طرق و وسایل و با همه‌ی امکانات و توان است. این دفاع ریشه در احکام اسلام دارد در سه مرحله قابل مطرح شدن است، “رهایی، استغنا و رفع وابستگی، آزادی و استقلال”، “ایجاد کانون‌های قدرت” و “توسعه‌ی تدریجی قدرت”.