روش فلسفی امام خمینی(ره) مبتنی بر برداشت «انسان شناسانه» ایشان از عقل می‌باشد. بر همین اساس، ایشان سه روش عرفانی، برهانی، نقلی را به رسمیت می‌شناسند. در مقابل، روش فلسفی علامه طباطبایی، مبتنی بر برداشت «وجود شناسانه» است. بنابراین ایشان فقط از روش «عقلی» در فلسفه استفاده می‌کنند. شایان ذکر است شناخت‌شناسی و روش‌شناسی فلسفی دو اندیشمند نوصدرایی، ابتدا به صورت مجزا بررسی و سپس به تمایزات روشی پرداخته شده است.